Awans do 1/16 finału wywalczyły m. in. FC Liverpool, Borussia Dortmund, Villarreal czy Olympique Marsylia. Czwarte miejsce w grupie D zajęła Legia Warszawa, która w ostatnim meczu przegrała z SSC Napoli 2:5 (0:2).

GRUPA A
Ajax Amsterdam - Molde FK 1:1 (1:1)
Fenerbahce - Celtic Glasgow 1:1 (1:0)
1. Molde 11 pkt
2. Fenerbahce 9 pkt
3. Ajax Amsterdam 7 pkt
4. Celtic Glasgow 3 pkt

GRUPA B
FC Sion - FC Liverpool 0:0
Girondins Boreaux - Rubin Kazań 2:2 (0:1)
1. FC Liverpool 10 pkt
2. FC Sion 9 pkt
3. Rubin Kazań 6 pkt
4. Girondins Boreaux 4 pkt

GRUPA C
FK Gabala - FK Krasnodar 0:3 (0:2)
Borussia Dortmund - PAOK Saloniki 0:1 (0:1)
1. FK Krasnodar 13 pkt
2. Borussia Dortmund 10 pkt
3. PAOK Saloniki 7 pkt
4. FK Gabala 2 pkt

GRUPA D
SSC Napoli - Legia Warszawa 5:2 (2:0)
FC Midtjyland - Club Brugge 1:1 (1:0)
1. SSC Napoli 18
2. FC Midtjyland 7
3. Club Brugge 5
4. Legia Warszawa 4

GRUPA E
Rapid Wiedeń - Dynamo Mińsk 2:1 (1:0)
Viktoria Pilzno - Villarreal CF 3:3 (1:1)
1. Rapid Wiedeń 15 pkt
2. Villarreal CF 13 pkt
3. Viktoria Pilzno 4 pkt
4. Dynamo Mińsk 3 pkt

GRUPA F
FC Groningen - SC Braga 0:0
Slovan Liberec - Olympique Marsylia 2:4 (0:2)
1. SC Braga 13 pkt
2. Olympique Marsylia 12 pkt
3. Slovan Liberec 7 pkt
4. FC Groningen 2 pkt