Pracę w Leverkusen Lewandowski zaczął w 2007 roku od drużyny juniorów. Pięć lat później został szkoleniowcem klubu Bundesligi, wspólnie z Finem Samim Hyypią. Później już samodzielnie prowadził zespół "Aptekarzy", a stanowisko stracił przed zakończeniem rozgrywek 2013/14.

Od września 2015 do marca Lewandowski (ur. 5 października 1971 roku) był trenerem drugoligowego Unionu Berlin