Puyol był przez długi czas kapitanem "Dumy Katalonii", w barwach której rozegrał 593 spotkania w latach 1999-2014. Zdobył 21 trofeów klubowych, w tym sześć za triumf w ekstraklasie i trzy za zwycięstwa w Lidze Mistrzów. Jest także mistrzem świata z 2010 roku i mistrzem Europy z 2008.
Wcześniej takie wyróżnienie od klubu z Kraju Basków otrzymali Anglik Matt Le Tissier (Southampton), Włoch Paolo Maldini (AC Milan) i Niemiec Sepp Maier (Bayern Monachium).