Były judoka został oskarżony w 2013 r. przez swoje byłe zawodniczki o to, że na przełomie XX i XXI wieku molestował je seksualnie. Pracował wtedy jako trener w Wiedniu. Według prokuratury jedna z ofiar, mająca wówczas 11 lat, była wykorzystywana przez trzy lata.

Seisenbacher nie stawił się w grudniu 2016 r. na procesie w Wiedniu i był poszukiwany międzynarodowym listem gończym. Zatrzymano go 1 sierpnia w stolicy Ukrainy. Ambasada austriacka w Kijowie wydała negatywną decyzję w sprawie ekstradycji, ale Austriak musiał opuścić ten kraj. Ukrywał się i został ponownie aresztowany trzy miesiące temu, kiedy próbował przekroczyć z fałszywym paszportem granicę ukraińsko-polską.

Seisenbacher był pierwszym judoką, który zdobył złote medale olimpijskie na dwóch kolejnych igrzyskach. Na najwyższym stopniu podium stanął w Los Angeles (1984) i Seulu (1988). Do dziś jest najbardziej utytułowanym zawodnikiem tego kraju w sportach letnich. Trzykrotnie był wybieramy najlepszym sportowcem roku w Austrii (1984, 1985, 1988).