Msza pogrzebowa odbyła się w klasztorze św. Józefa przy ulicy Dominikańskiej w Warszawie. Uczestniczyło w niej bardzo wiele osób, ludzie związani ze sportem, kibice z całego kraju, a także grupa fanów stołecznej Legii, zespołu, którego wielkim fanem był zmarły szkoleniowiec.
Przed rozpoczęciem ceremonii pogrzebowej odczytano list do wszystkich obecnych napisany przez żonę i syna Janusza Wójcika, w którym pożegnali się oni ze zmarłym. Przypomniano w nim jego karierę trenerską, osiągnięcia sportowe, ale także wspominano go jako bardzo dobrego męża i ojca, który zawsze z wielkim sercem opiekował się rodziną. "Będzie nam Ciebie bardzo brakowało" - napisali jego najbliżsi.
Homilia w trakcie ceremonii w kościele nawiązywała do wątków sportowych, a przede wszystkim piłkarskich. Msza żałobna została porównana do piłkarskiej dogrywki.
Kondukt żałobny na cmentarz przy ulicy Wałbrzyskiej poprowadzili byli piłkarze, którzy pod wodzą Wójcika zdobyli srebrny medal igrzysk olimpijskich w Barcelonie w 1992 roku. Na czele szli Andrzej Juskowiak, Andrzej Kobylański, Jerzy Brzęczek, a Wojciech Kowalczyk był w poczcie honorowym niosącym sztandar Polskiego Związku Piłki Nożnej.
W imieniu reprezentacji olimpijskiej chciałem bardzo serdecznie podziękować za to, że mieliśmy przyjemność i wielką satysfakcję przeżyć w naszej piłkarskiej karierze najpiękniejszą przygodę, jaką były igrzyska. Był pan osobą barwną i bezkompromisową. To powodowało, że wszyscy pana bardzo szanowali – mówił nad trumną Brzęczek.
W pogrzebie uczestniczył również inny piłkarz reprezentacji olimpijskiej z Barcelony, a obecnie wiceprezes PZPN Marek Koźmiński.
Długo zastanawiałem się jadąc do Warszawy, co należy powiedzieć. Jednak najważniejsze są słowa, które wychodzą z serca. A z serca wychodzi tylko jedno słowo: dziękuję. Podziękowania składa panu polska piłka, PZPN, reprezentacje i kluby, które pan prowadził, zawodnicy i wszyscy, którzy z panem współpracowali – powiedział Koźmiński.
Był jedną z barwniejszych postaci polskiego futbolu w ostatnich kilkudziesięciu latach. Słynął z umiejętności mobilizowania swoich piłkarzy i głośnych, czasami kontrowersyjnych powiedzonek. Nawet pierwsza część jego biografii nosi tytuł: "Wójt. Jedziemy z frajerami! Całe moje życie" (autorzy: Janusz Wójcik, Przemysław Ofiara).
Na początku XXI wieku zasiadał w zespole konsultacyjnym ds. sportu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, gdy funkcję premiera pełnił Leszek Miller. W latach 2005-07 był posłem na Sejm V kadencji (z listy Samoobrony RP).