Msza pogrzebowa odbyła się w klasztorze św. Józefa przy ulicy Dominikańskiej w Warszawie. Uczestniczyło w niej bardzo wiele osób, ludzie związani ze sportem, kibice z całego kraju, a także grupa fanów stołecznej Legii, zespołu, którego wielkim fanem był zmarły szkoleniowiec.
Przed rozpoczęciem ceremonii pogrzebowej odczytano list do wszystkich obecnych napisany przez żonę i syna Janusza Wójcika, w którym pożegnali się oni ze zmarłym. Przypomniano w nim jego karierę trenerską, osiągnięcia sportowe, ale także wspominano go jako bardzo dobrego męża i ojca, który zawsze z wielkim sercem opiekował się rodziną. "Będzie nam Ciebie bardzo brakowało" - napisali jego najbliżsi.
Homilia w trakcie ceremonii w kościele nawiązywała do wątków sportowych, a przede wszystkim piłkarskich. Msza żałobna została porównana do piłkarskiej dogrywki.
Kondukt żałobny na cmentarz przy ulicy Wałbrzyskiej poprowadzili byli piłkarze, którzy pod wodzą Wójcika zdobyli srebrny medal igrzysk olimpijskich w Barcelonie w 1992 roku. Na czele szli Andrzej Juskowiak, Andrzej Kobylański, Jerzy Brzęczek, a Wojciech Kowalczyk był w poczcie honorowym niosącym sztandar Polskiego Związku Piłki Nożnej.
– mówił nad trumną Brzęczek.
W pogrzebie uczestniczył również inny piłkarz reprezentacji olimpijskiej z Barcelony, a obecnie wiceprezes PZPN Marek Koźmiński.
– powiedział Koźmiński.
Janusz Wójcik zmarł 20 listopada w wieku 64 lat. W latach 1997-99 prowadził reprezentację Polski. Był także trenerem m.in. Jagiellonii Białystok, Legii Warszawa, Pogoni Szczecin, Śląska Wrocław i Widzewa Łódź, pracował też z reprezentacją Syrii oraz olimpijską drużyną Zjednoczonych Emiratów Arabskich.
Był jedną z barwniejszych postaci polskiego futbolu w ostatnich kilkudziesięciu latach. Słynął z umiejętności mobilizowania swoich piłkarzy i głośnych, czasami kontrowersyjnych powiedzonek. Nawet pierwsza część jego biografii nosi tytuł: "Wójt. Jedziemy z frajerami! Całe moje życie" (autorzy: Janusz Wójcik, Przemysław Ofiara).
Na początku XXI wieku zasiadał w zespole konsultacyjnym ds. sportu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, gdy funkcję premiera pełnił Leszek Miller. W latach 2005-07 był posłem na Sejm V kadencji (z listy Samoobrony RP).
