Włoch, mistrz świata w pływaniu na 100 metrów stylem dowolnym z 2005 i 2007 roku oraz brązowy medalista w sztafecie 4 x 200 m st. dowolnym igrzysk w Atenach w 2004 roku, został zdyskwalifikowany na cztery lata za doping 6 listopada 2018 roku. Taką samą karę nałożono na jego kolegę ze sztafety Michele Santucciego.
Obaj pływacy zostali uznani przez TNA winnymi stosowania lub próby stosowania niedozwolonych środków. Prokurator domagał się dla Magniniego ośmiu lat zawieszenia.
Magnini odwołał się od kary, teraz CAS uznał, że "nie przedstawiono wystarczających dowodów, aby stwierdzić, że Filippo Magnini naruszył światowy kodeks antydopingowy".
38-letni obecnie Magnini, który już zakończył karierę, w czasie jej trwania nigdy nie był złapany na dopingu. Zawsze utrzymywał, że nigdy go nie stosował, był zdecydowanym krytykiem niedozwolonego wspomagania.