50-letni Sousa pracował w kilku liczących się w Europie klubach, ale w żadnym nie zagrzał miejsca na dłużej. Na początku kariery trenerskiej opiekował się reprezentacją Portugalii do lat 16, a potem po kilka bądź kilkanaście miesięcy spędził m.in. w Queens Park Rangers, Swansea City, Leicester City, FC Basel, Fiorentinie czy Girondins Bordeaux. Prowadził także Videoton Szekesfehervar, Maccabi Tel Awiw oraz chiński Tianjin Tianhai.
Najwięcej czasu spędził w Videotonie oraz Fiorentinie. Jako trener włoskiego klubu rywalizował z Lechem Poznań w fazie grupowej Ligi Europy w 2015 roku - we Florencji "Kolejorz" zwyciężył 2:1, u siebie przegrał 0:2.
W roli szkoleniowca sukcesów Sousa odnosił niewiele. Do największych należą triumfy w ekstraklasie Izraela (2013/14) i Szwajcarii (2014/15), poza tym zdobył na Węgrzech Puchar Ligi i dwukrotnie Superpuchar.
Znacznie więcej osiągnął jako piłkarz. Seniorską karierę rozpoczął w Benfice Lizbona w 1989 roku i już z tym zespołem cieszył się z mistrzostwa i Pucharu Portugalii. Później przeniósł się na krótko do ekipy lokalnego rywala - Sportingu, z którego trafił w 1994 roku do Juventusu Turyn.
Tam spędził dwa lata, a odchodził mając w dorobku triumf we włoskiej ekstraklasie, krajowym pucharze i Superpucharze, a także w Lidze Mistrzów. Ten ostatni sukces powtórzył 12 miesięcy później, już w koszulce Borussii Dortmund.
W późniejszych latach bronił barw Interu Mediolan, Parmy, Panathinaikosu Ateny i Espanyolu Barcelona, ale już bez sukcesów. Trapiły go liczne problemy zdrowotne, przez które w połowie 2002 roku ogłosił zakończenie kariery w wieku 32 lat.
W reprezentacji Portugalii Paulo Sousa rozegrał 51 spotkań. Był m.in. członkiem drużyny, która dotarła do półfinału mistrzostw Europy w 2000 roku.
