Członkowie Wydziału Dyscypliny PZPN uznali, że . "Wydział uznał, że pięć udowodnionych Jagielloni Białystok czynów o charakterze korupcyjnym jest wystarczającym powodem ku temu, by zdegradować klub o jedną klasę rozgrywkową. To kara adekwatna do winy" - powiedział szef WD PZPN Artur Jędrych.
Zarząd Sportowej Spółki Akcyjnej poinformował, że klub odwoła się od tej decyzji, a . Władze klubu w oświadczeniu przedstawiają argumenty przemawiające - w ich ocenie - za orzeczeniem mniej surowej kary, nie wiążącej się z karnym przesunięciem do niższej klasy rozgrywek.
"Orzeczenie wydziału dyscypliny jest też sprzeczne z oficjalnie głoszonym przez kierownictwo PZPN poglądem, że karać należy przede wszystkim sprawców działań korupcyjnych, a nie kluby, na niekorzyść których prowadzili oni działalność" - napisano w oświadczeniu SSA.
W sezonie 2004/05 zajęła w niej szóste miejsce, ale z dość znaczną stratą do czołowych zespołów. W kolejnych rozgrywkach wywalczyła prawo gry w barażach o ekstraklasę, ale dwukrotnie przegrała z Arką Gdynia.
W grudniu 2007 roku zarzuty korupcyjne usłyszał Wojciech S., który w 2004 roku został dyrektorem, a w latach 2005-06 pełnił funkcję prezesa białostockiego klubu. WD PZPN sprawą Jagiellonii zajmował się od kwietnia 2008 roku. Najpierw postępowanie miał charakter wyjaśniający, a następnie dyscyplinarny. Wstrzymywanie się z wyrokiem tłumaczono oczekiwaniem na dokumenty z prokuratury, dzięki którym wiedza o działaniach korupcyjnych na rzecz tego klubu byłaby pełniejsza.
W tym sezonie Jagiellonia po rundzie jesiennej zajmuje 10. miejsce w tabeli ekstraklasy z dorobkiem 18 punktów.
