Umowa, która miała obowiązywać do 30 czerwca 2023 roku, została rozwiązana za porozumień stron.
49-letni Probierz trenerem Cracovii został 21 czerwca 2017 roku zastępując Jacka Zielińskiego. W styczniu 2019 roku objął także funkcję wiceprezesa ds. sportowych.
Po jego kierunkiem Cracovia zajmowała w ekstraklasie dziewiąte (2018), czwarte (2019), siódme (2020) i czternaste miejsce (2021). Obecnie "Pasy" plasują się na jedenastym miejscu w tabeli z dorobkiem siedemnastu punktów.
W sumie Probierz prowadził Cracovię w 175 oficjalnych meczach. Był najdłużej pracującym trenerem w ekstraklasie. Dłuższy staż w jednym klubie od niego miał tylko opiekun Rakowa Częstochowa – Marek Papszun, ale on przejął zespół, gdy był w II lidze.
Największym sukcesem Probierza w Cracovii było wywalczenie – po raz pierwszy w historii klubu - Pucharu Polski w 2020 roku, po zwycięskim (3:2) finale z Lechią Gdańsk. Było to pierwsze trofeum "Pasów" od 1948 roku, gdy po raz ostatni zdobyły tytuł mistrza Polski. W tym roku Cracovia sięgnęła też po Superpuchar pokonując mistrzów Polski – LegięWarszawa.
Po kierunkiem Probierza Cracovia brała udział w rozgrywkach Ligi Europy. W 2019 odpadła w rywalizacji ze słowackim DAC Dunajska Streda (1:1 i 2:2), a rok później uległa szwedzkiemu Malmoe FF 0:2.
Kibice Cracovii największe pretensje do Probierza zgłaszali po derbowych porażkach z Wisłą. W dziewięciu meczach pod jego kierunkiem "Pasy" poniosły sześć porażek, dwa razy remisowały i tylko raz wygrały.
Po niedzielnej przegranej z "Białą Gwiazdą" Probierz powiedział na konferencji prasowej, że bierze pełną odpowiedzialność za ten wynik.
Były już szkoleniowiec Cracovii 30 stycznia tego roku, po porażce z Wartą Poznań 0:1, podał się do dymisji, ale wówczas – wskutek rozmów z właścicielem i prezesem klubu Januszem Filipiakiem – zmienił swoją decyzję. Rozstanie nastąpiło dziewięć miesięcy później.
Dziękuję profesorowi Januszowi Filipiakowi za całe wsparcie i zaufanie, na które mogłem liczyć przez cały czas pracy. Dziękuję także kibicom oraz wszystkim pracownikom klubu. To był dobry czas, mieliśmy wzloty i upadki, ale zawsze będę miło wspominał te lata – powiedział Probierz cytowany przez oficjalny klubowy serwis.
Cracovia nie ogłosiła na razie nazwiska następcy Probierza. W najbliższym ligowym meczu "Pasy" zmierzą się 22 listopada na swoim stadionie z Rakowem Częstochowa.