Dla Stokowca to powrót do Zagłębia, gdzie pracował w latach 2014-17. Przejął wówczas zespół broniący się przed spadkiem, ale nie zdołał się utrzymać w ekstraklasie. Pozostał jednak na stanowisku i po roku spędzonym w pierwszej lidze wywalczył awans. Z marszu, jako beniaminek zajął trzecie miejsce i tym samym wywalczył prawo gry w eliminacjach Ligi Europejskiej. Sezon 2017/18 miał już zdecydowanie mniej udany i po serii meczów bez zwycięstwa został zwolniony.
Kolejnym klubem Stokowca była Lechia, z którą święcił swoje największe sukcesy jako szkoleniowiec. Zdobył Puchar Polski oraz Superpuchar i zajął trzecie miejsce w sezonie 2018/19. Po remisie 2:2 z Radomiakiem Radom w szóstej kolejce trwających rozgrywek klub z Gdańska rozwiązał umowę z szkoleniowcem za porozumieniem stron.
Umowa Zagłębia ze Stokowcem została podpisana do końca sezonu 2023/24.
Zagłębie po rundzie jesiennej zajmuje 14. miejsce i ma zaledwie cztery punkty przewagi nad strefa spadkową.
