Pierwszy maraton bostoński odbył się 19 kwietnia 1897 roku, a na starcie stanęło 15 mężczyzn.
W 1918 roku z powodu pierwszej wojny światowej zmieniono format zawodów na sztafetę. Natomiast w 2013 rywalizację przerwano po wybuchu dwóch bomb w okolicach mety. Do zdarzenia doszło już po wyłonieniu zwycięzcy, ale na trasie wciąż znajdowało się wielu uczestników.
W 1991 roku triumfowała Wanda Panfil, późniejsza mistrzyni świata.
Tradycyjnie bieg odbywał się w trzeci poniedziałek kwietnia. Wówczas wypada Dzień Patriotów, obchodzony dla uczczenia bitew pod Lexington i Concord, które zapoczątkowały wojnę z Brytyjczykami o niepodległość Stanów Zjednoczonych (1775).