Rutkowski wywalczył tytuł mistrza świata juniorów w lutym 2004 roku w norweskiej miejscowości Stryn, pokonując Austriaka Thomasa Morgensterna, który potem odnosił wielkie sukcesy w gronie seniorów. Podczas tej samej imprezy Rutkowski zdobył srebrny medal w drużynie, startując z Kamilem Stochem, Stefanem Hulą i Dawidem Kowalem.
Miesiąc wcześniej zadebiutował w Pucharze Świata, zajmując w Libercu 37. miejsce. 18 stycznia 2004 roku zajął najwyższe w karierze 15. miejsce w zawodach PŚ w Zakopanem.
Mateusz Rutkowski wystąpił również na mistrzostwach świata w lotach narciarskich w Planicy w 2004 roku, zajmując 28. miejsce indywidualnie oraz ósme drużynowo. Podczas czempionatu mistrz świata juniorów ustanowił swój rekord życiowy w długości lotu - 201,5 metra.
Po sezonie 2004/2005 został wykluczony z kadry narodowej z powodu problemów z nadwagą, dyscypliną i alkoholem. Po raz ostatni w zawodach FIS zaprezentował się w 2006 roku, zajmując 32. pozycję w Letnim Pucharze Kontynentalnym w Velenje.