Mroczkowski pracę w Sandecji rozpoczął 11 stycznia 2016 roku. W sezonie 2016/17 po raz pierwszy w historii wprowadził sądecki klub do ekstraklasy. Od ponad dwóch miesięcy beniaminek przeżywał jednak kryzys formy, po raz ostatni trzy punkty wywalczył 17 września (wygrana z Bruk-Betem Termaliką Nieciecza 1:0), a potem zanotował serię dziesięciu meczów bez wygranej.
W sobotę Sandecja przegrała 0:1 z Jagiellonią Białystok. Sporym utrudnieniem w pracy Mroczkowskiego był fakt, że zespół swoje mecze w roli gospodarza rozgrywał na stadionie w Niecieczy, gdyż obiekt w Nowym Sączu nie spełnia wymogów licencyjnych, a jego przebudowa jest na etapie wyłaniania wykonawcy w przetargu.
Mroczkowski zostawia zespół na 14. miejscu w tabeli z dorobkiem 19 punktów. W sumie Sandecję prowadził w 73 oficjalnych spotkaniach. 33 z nich zakończyło się zwycięstwem, 16 remisem, a 24 razy jego podopieczni schodzili z murawy pokonani. Średnia punktów zdobywanych na mecz wyniosła 1,58.
