Lenczyk pracę w GKS-ie rozpoczął w październiku 2005 roku. W pierwszym sezonie utrzymał go w ekstraklasie, a w kolejnym z zespołem, w którym grał wówczas m.in. Radosław Matusiak zdobył wicemistrzostwo Polski.
Został zwolniony w marcu 2008 roku po pięciu porażkach ligowych z rzędu. Do tej pory Lenczyk nie dostał pieniędzy z tytułu odszkodowania za zwolnienie.