Za datę powstania Jagiellonii przyjmuje się maj 1920 roku. Wówczas żołnierze stacjonującego w Białymstoku Batalionu Zapasowego 42. Pułku Piechoty powołali do życia koło sportowe - sekcję piłki nożnej. Pierwszy mecz rozegrano 30 maja 1920 roku, w którym ten zespół wygrał z Kresowcami 5:1.
Na sportowej mapie regionu, jako klub pod tą nazwą, Jagiellonia pojawiła się 27 stycznia 1932 roku wskutek połączenia Wojskowego Klubu Sportowego 42. Pułku Piechoty (piłka nożna, lekkoatletyka) oraz istniejącego od 1927 r. Klubu Sportowego Związku Młodzieży Wiejskiej, gdzie działała sekcja lekkoatletyczna.
Obchody stulecia organizowane przez klub będą trwały przez cały rok. Do tej pory m.in. odbyło się referendum w sprawie wyglądu herbu Jagiellonii, a na stadionie miejskim otwarta została tzw. galeria sław klubu. Wieczorem 13 stycznia kibice zorganizowali akcję "setki rac na stulecie", rozświetlając nimi centrum miasta, a w lutym radni miejscy nadali nowemu rondu - zlokalizowanemu na wjeździe do Białegostoku od strony Warszawy - imię klubu.
Wybór przez kibiców jedenastki stulecia jest dwuetapowy. Najpierw z grona nominowanych przez kapitułę zawodników klubu wybierano 36-osobowy "skład", z którego miał nastąpić wybór finałowej jedenastki. Dlatego od 23 marca codziennie w głosowaniu w mediach społecznościowych Jagiellonii decydowali, który z dwójki zaprezentowanych danego dnia piłkarzy, a potem trenerów, bardziej zasługuje na miejsce w finale zabawy.
Ostatecznie w tej grupie znaleźli się również tzw. lucky loserzy, czyli osoby z największą liczbą głosów, które jednak przegrały w pojedynkach. Wskutek takiej decyzji ostatecznie grupa piłkarzy zwiększyła się do 44 zawodników, a trenerów jest czterech.
Finałowe głosowanie ruszy w czwartek wieczorem i potrwa do 30 czerwca. 1 lipca ma być ogłoszony skład kibicowskiej jedenastki stulecia Jagiellonii Białystok.
Jak poinformował klub, w pierwszym etapie zabawy kibice oddali ponad 88 tys. głosów. Rekordowo duże było poparcie trenera Michała Probierza, z którym wiążą się największe sukcesy piłkarskiego zespołu Jagiellonii w ostatnim dziesięcioleciu, m.in. zdobycie Pucharu Polski w 2010 roku czy medale mistrzostw kraju. Na obecnego szkoleniowca Cracovii oddano ponad 4,8 tys. głosów. Również ponad 4 tys. osób zagłosowało na Tomasza Frankowskiego, a niewiele mniej - na Kamila Grosickiego. Ponad 3,5 tys. głosów dostał Litwin Fedor Cernych.
Z zawodników obecnie występujących w klubie szansę na znalezienie się w jedenastce stulecia mają Chorwat Ivan Runje i Taras Romanczuk.