Makowski przygodę z piłką nożną zaczynał w WUKS Rosanów, a następnie UKS SMS Łódź. W 2015 roku trafił do Lechii i z roczną przerwą na wypożyczenie do pierwszoligowego Górnika Łęczna, bronił barw zespołu z Gdańska do końca poprzedniego sezonu. W sumie w ekstraklasie rozegrał 84 mecze i zdobył dwa gole.
Dyrektor pionu sportowego w Zagłębiu Piotr Burlikowski zdradził na oficjalnej stronie internetowej klubu z Dolnego Śląska, że już zimą czynił starania, aby zawodnik przeszedł do zespołu z Lubina.
Oczekiwania Lechii były zbyt wysokie. Pozyskaliśmy go po wygaśnięciu kontraktu. Szkoda, że zimą nie doszło do porozumienia, bo ostatnie pół roku Tomek miał zmarnowane. Cieszę się jednak, że dołącza do nas, bo jest to zawodnik, który występował we wszystkich reprezentacjach młodzieżowych Polski. To piłkarz o ogromnym charakterze i wielkiej ambicji. Tomek już pracował z trenerem Stokowcem i jestem przekonany, że będzie się odpowiednio rozwijał w naszych barwach - dodał.
Makowski to czwarty zawodnik pozyskany przez Zagłębie przed startem nowego sezonu. Wcześniej do drużyny trenera Piotra Stokowca dołączyli: Marko Poletanovic, Arkadiusz Woźniak i Szymon Kobusiński.